为了确保冷冻离心机安全和离心效果，仪器必须放置在坚固水平的台面上，工程塑料盖门上不得放置任何物品；样品必须对称放置，并在开机前确保已拧紧螺母。使用前应检查转子是否有伤痕、腐蚀等现象，同时应对离心杯做裂纹、老化等方面的检查，发现有疑问立即停止使用，并与厂方联系；开机运转前请务必拧紧转头的压紧螺帽，以免高速旋转的转头飞出造成事故。转速设定不得超过最高转速，以确保机器安全运转。冷冻离心机使用中如果出现0.00或其他数字，机器不运转，应关机断电，10秒后重新开机，待所设转速显示后，再按运转键，机器将照常运转。如需分离样品的比重超过1.2克/立方厘米，最高转速N必须按下式修正：N=NMAX＊(1.2/样品比重)1/2，NMAX=转子极限转速。不得在机器运转过程中或转子未停稳的情况下打开盖门，以免发生事故。
　　冷冻离心机的离心杯必须等量灌注样品，切不要使转头在不平衡的状况下运行。离心机一次运行最好不要超过60分钟。必须可靠接地；机器不使用，请拔掉电源插头。冷冻离心机低温分离技术是分子生物学研究中必不可少的手段。基因片段的分离、酶蛋白的沉淀和回收以及其它生物样品的分离制备实验中，都离不开低温离心技术，因此低温冷冻离心机已成为分子生物学研究中必需的重要工具。冷冻离心机应放置在水平坚固的地板或平台上，并力求使机器处于水平位置以免离心时造成机器震动。打开电源开关，按要求装上所需的转头，将预先以托盘天平平衡好的样品放置于转头样品架上(离心筒须与样品同时平衡)，关闭机盖。按功能选择键，设置各项要求：温度、速度、时间、加速度及减速度，带电脑控制的机器还需按储存键，以便记忆输入的各项信息。按启动键，冷冻离心机将执行上述参数进行运作，到预定时间自动关机。待冷冻离心机完全停止转动后打开机盖，取出离心样品，用柔软干净的布擦净转头和机腔内壁，待离心机腔内温度与室温接近后方可盖上机盖。
　　冷冻离心机腔盖（门）、转子盖及离心帽等都装有不同粗细和大小的耐油橡胶O形密封圈，其作用是在抽真空过程中阻断大气的通道，使容器内保持所要求的真空或大气压状态。离心腔门的密封圈在抽真空过程中，可防止外界大气进入，使腔内保持一定的高真空度。转子盖及离心管帽内的密封圈作用正好相反，是为了隔绝离心腔内的真空侵入，使离心转子内的压力与大气压相同。如果转子和管帽密封不好，样品就会外溢，直接影响实验结果，也会使离心管内和转子内形成负压，以致管帽和转子盖难以打开，可见密封的重要作用。
　　冷冻离心机在预冷状态时，离心机盖必须关闭，离心结束后取出转头要倒置于实验台上，擦干腔内余水，离心机盖处于打开状态。转头在预冷时转头盖可摆放在离心机的平台上，或摆放在实验台上，千万不可不拧紧浮放在转头上，因为一旦误启动，转头盖就会飞出，造成事故！转头盖在拧紧后一定要用手指触摸转头与转盖之间有无缝隙，如有缝隙要拧开重新拧紧，直至确认无缝隙方可启动离心机。冷冻离心机在离心过程中，操作人员不得离开离心机室，一旦发生异常情况操作人员不能关电源POWER)，要按STOP。在预冷前要填写好离心机使用记录。不得使用伪劣的离心管，不得使用老化、变形、有裂纹的离心管。在节假日和晚间最后一个使用离心机例行安全检查后方能离去。在仪器使用过程中发生机器故障，部件损坏情况时要及时与技术人员联系。